不过他对于武人，尽管重视，只是亲如子弟，和思宗以后那种尊如父兄的态度，根本上便不同。在尊如父兄的时代，便谈不上指挥；当一一国底武人，不听指挥的时候，这个国家已经走上亡国的路线。
居正对付土蛮的主张，在万历五年上半年他给张学颜的信里可以看到：
西虏俺答之求贡，自嘉靖十六、七年始矣，我畏之而不敢许。然当其时，庙堂失策，制御乖方，虽许之，固未如今日之款顺也。比以那吉来降，归之以礼，彼遂感思慕义，执我叛人，复申前款，我乃因而许之，盖机缘凑合，名义正大。故当时纷纷之议，皆以为不可许，仆独以为可，皆以盟约为不久，仆独保其无他，盖度彼既感吾放麂之恩，而又适惬其平生之愿，芳饵入口，不能自脱。夫事美成在久，恶成不及改。今东虏于我，非有平生恳款之素也，非有那吉纳降之事也，非有执叛谢过之诚也，侵盗我内地，虔刘我人民，其迫胁无礼如此，堂堂天朝，何畏于彼而曲徇之乎！且西虏以求之恳而后得之，故每自挟以为重：今若轻许于东，则彼亦将忽而狎视之，他日且别有请乞以厚要于我，启衅渝盟，必自此始，是威亵于东而惠竭于西也。故在今日，宜且故难之，以深约其欲，而益坚西虏之心。异日者，东虏之敢大举深入，以西虏为之助也。今东虏有求而不获，则西虏以我之重之也，亦挟厚赏以自重，必不从东虏矣。虏不得西虏之助，则嫌隙愈构而其势愈孤，而吾以全力制之，纵彼侵盗，必不能为大患；是吾一举而树德于西，耀威于东，计无便于此者矣。昔人云：“自非圣人，外宁必有内忧。”今主上冲年，国家幸而无事，宴安鸩毒，将发于不虞，益姑释此以为外惧乎？仆怀此意，未敢语人，兹因询及，敢略陈其概。虽然，辽人病矣。语日：“头痛治头，足痛治足。”今虏祸方中于辽，辽以一镇当全虏之势，病在足之时矣。不急治之，且将为一身忧！辽人素称忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言战。一战而胜，则东虏之气挫，而西虏之好益坚，此数世之利也，愿公熟虑之。（书牍九《与张心斋计不许东虏款贡》）
万历三年，部院曾有一些变更。六月都察院左都御史葛守礼致仕，以陈瓒为左都御史，九月礼部尚书万士和致仕，以马自强为礼部尚书，刑部尚书王之诰致仕，以王崇古为刑部尚书。老成雕谢，是一件无可奈何的事，但是居正底地位，已经稳定，这些变更，对于政局不发生重大的影响。但是万历五年，却发生一件与兵部有关的变更。四月兵部尚书谭纶死了，改刑部尚书王崇古为兵部尚书，以戎政尚书刘应节为刑部尚书。谭纶是一位威名卓著的督抚，调任兵部尚书以后，困为居正负的责任太多了，似乎没有多大的成就。但是他这一死，引起一点小小的波澜。自从明代注意边防，着重蓟辽和宣大方面以后，蓟辽和宣大隐隐成为两个系统底对立。这个决然不会有近代直系、皖系，或是日本长阀、萨阀那样严重，而且相差的程度，还是非常之远，但是隐隐约约地有一些淡微的影子。这个当然不是国家之福，眼光锐利的政治家，便应当立即把这个影子冲淡。蓟辽出身的谭纶死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同时更调蓟辽顺天巡抚王一鹗为宣府巡抚。起用致仕的陈道基为顺天巡抚。居正给一鹗说：
宣、蓟唇齿之势，异时两镇视如秦、越，虏祸中于蓟，则宣人安枕，虽得虏情，不以实告。今移公于宣者，所以为蓟也。抚镇协和，文武辑睦，边境之利也，而好事者反以此为忌，往者南中之谤，未必不自此中启之。去岁微闻阅视君（指阅视大臣郜光先，见书牍八。）亦有此言。今去公于蓟者，所以全公也。近日蓟台有缺，每从司道中进，以其习于蓟事也，而好事者亦用此为忌，每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。昨见公移镇，辄私语曰，代者必某人也，是总兵所喜者也。斯言也，不惟不利于总兵，且不利于司道也，故出其不意，而远求于林下之人。乃陈公又仆素所援用者，其人达于事理，不吐不茹，萧规曹随，必获同心之济。故用陈公，则公虽去，犹未去也。仆十余年来，经营蓟事，心力俱竭，今一更置间，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陈其概。新本兵虽颇不悦于蓟人，然亦非故作异同者，况今大事，皆仆面奉高断而行，渠安能逞其私意，辄有所更张乎？顷闻外间云云，仆即以晓之，渠亦深省。恐彼中将吏，未达此意，或怀疑惧，愿公譬谕之也。（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）
自从隆庆二年，谭纶、戚继光二人改调蓟辽以后，他们成为北方的重镇。居正始终对于蓟镇极力维护，所以假如蓟辽成为一个系统，那么这个系统底后面，便有居正底影子。居正生前，对于一切攻击继光的人，都提出严正的论驳，因此居正身后，对于居正、继光不满的人，甚至质问两人相结，“意欲何为．莫非要造反？”（见书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》懋修注）当然这是妄说。居正底心理，只是为的国家。然而他对于继光的爱护，委实有些使人嫉妒。万历四年部光先巡边，继光又托谭纶提出总理和阅视大臣见面的礼节问题，居正一边吩咐光先，一边和继光说：
窃意今日，当以钦命为重，不在兵衔之有无。谦以自处，见者自然悦而敬之。其差去部公，当预为足下先容，必加优礼，决不以庸众相待也。（书牍八《答总兵戚南塘》）
这一个短简后面，流露无限的好意：“亲之如子弟”，居正自己也说过。郜光先去了以后，对于数年以来，蓟镇没有边功这一点提出了，他也说到南兵调北，没有存在的理由。也许他不能认识居正当日的用心，所以有这一番议论。居正只有和他说：
大抵蓟镇之势，与他镇不同，其论功伐，亦当有异。盖此地原非边镇，切近陵寝，故在他镇，以战为守，此地以守为守，在他镇以能杀贼为功，而此地以贼不入为功，其势居然也。至于调用南兵一节，实出于万不得已。盖因往时议者，咸极言延、宁边兵入卫之苦，为之罢减四枝。蓟镇分区而守，罢一枝则一区失守，又不可弃地与贼，于是谭总督、戚总兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所练习者，可顶所罢之数，因以教练火器，整理车营，故不得已而用之。今若以为虚费而无用，即当罢之，则宜思戍守不可缺人，或仍复入卫边兵，或与本镇地方抽换。不然，陵、京重地，宁敢忽视之乎？此中事体，其说甚长，统俟面悉。（同卷《答阅边郜文川言战守功伐》）
当时主持议论的人，已经忘去南兵底作用了。他们只觉得在太平的时期，北方的军队同样能摆边，那么要南兵做什么？议论多了，连居正也无法遏止，他甚至说：“人尝笑南兵无用，徒靡厚切。今若乘其入犯，一战而胜，则群呼自息，而虏亦寝谋。”（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）但是当时的人，却忘去在继光初到蓟镇的时候，北方的兵士，不守军令，后来看到在大雨如注的当中，浙兵三千，从早晨到下午，立在雨地下面，一动也役有动，这才知道军令底严肃。蓟镇底安定，一切都从训练着手，这三千南兵，便是当时的模范军。时代推演得真快，这已是将近十年的事了。大家看到南兵无用，认为蓟镇不能打仗；得空的时候，大家还得到蓟门走一趟，再不然、便介绍几个山人去拜访戚总兵。凡是京城来的人，戚总兵只得竭诚招待，有吃有喝，甚至还要陪着做一、两首诗，提倡风雅，临到告别的时候，当然再是一大笔程仪。有什么办法呢？继光只有敷衍他们。
苦心维持继光的，只有居正。在蓟辽和宣大这两个系统对立的时候，居正甚至特别维护宣大。借此减轻一般人对于蓟辽的嫉视。宣大的督、抚大多是宣大出身的人，但是万历五年，林下的陈道基起用为顺天巡抚了；同年兵部左侍郎梁梦龙调任蓟辽总督，万历九年，宣大总督吴兑调任蓟辽总督。这是为的什么？居正曾经指出好事者“每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。”只有这样，才能免去无味的议论，才算是真真爱护戚继光。一切都是为的国家。在大众指摘继光的时候，居正说：“若举全镇防守之功，委无所损；数年以来，一矢不惊，内外安堵，此其功宁可诬乎？猫以辟鼠为上品，山有虎豹，藜藿不采，又不以搏噬为能也。”这是居正底见地。
万历四年，居正开始推动一条编法。为用语便利起见，有时也称为条编法。研究赋税的人，常时谈到条编，认为这是明代赋税方法底改进。在大体上，这句话是不错的，其实还有稍许的不同。赋税是赋税，条编法只是徭役方法底改进。明代认定人民有替国家服役的义务。这项义务分为两种。一种是力差，这是当真为国家做事。府、州、县有银库，看守银库的称为库丁；各驿有廪给库，看守的也称为库丁：也许有人认为这是好差使，但是银有银耗，粮食也有粮耗，一切的亏折，都责成库丁包赔，便成为最大的苦差。库丁总算在社会上保持相当的身分，还有人充当。其余看门的有门皂，防河的有防夫，管囚犯的有禁子，维持治安的有弓兵：他们在社会上的地位更加低落，大家只得另行雇人代充。雇人的是乡间的老农，被雇的是城市的地痞，于是被雇的人不时下乡，向老农们讨索工食，“雇员”压迫“雇主”，成为老农的祸害。以上是力差。